La Clínica San José se conformó como Sociedad Limitada el 27 de Abril de 1995, mediante escritura pública Nº 948 de la notaría Segunda de Barrancabermeja, inscrita en la cámara de comercio el 3 de mayo del mismo año en el Nº 3832 del libro respectivo..
Inició sus actividades ambulatorias en sede provisional ubicada en la calle 52 con 27, bajo la dirección y representación legal del Dr. Hernando Flórez Anaya, en dicha sede se prestaban servicios de Consulta Externa por Medicina General y laboratorio Clínico, bajo la modalidad de arrendamiento de consultorios.
En simultánea se adecuaba el predio de calle 47 28-72 del barrio Palmira, en donde posteriormente en 1997 se prestarían los servicios de externa por médico general, laboratorio clínico, y paulatinamente se van implementando otros servicios como farmacia y especialistas adscritos.
En marzo de 1996 se inicia la construcción de la sede de la calle 47 con carrera 28 esquina, edificación que iría a tener la infraestructura para prestar los servicios hospitalarios.
En agosto de 1996 se firmó el primer contrato de servicios con UNIMEC EPS para la atención de primer nivel de atención ambulatoria de los usuarios Régimen Subsidiado de Barrancabermeja y del Bajo Simacota, lo que determina implementar la modalidad de contratación directa a los profesionales de salud.
El 10 de agosto de 1998 se apertura la sede de hospitalización y urgencias, llamada Clínica San José. En donde en marzo de 1999 se abre el servicio de cirugía, partos y en junio del mismo año el servicio de Radiología.
En la sede ambulatoria, en octubre de 1998 se abre el servicio de odontología, en Noviembre fisioterapia, ecografía, electrocardiogramas .
El 17 de noviembre del 2000 mediante escritura pública Nº 6896 se establece la representación legal y Gerencia de Olga Yuvy Molina Rojas.
Paulatinamente se vino terminando la obra, ampliándose hospitalización y área administrativa, hasta que en Febrero de 2005 se culmina con la construcción del cuarto piso del edificio y la puesta en funcionamiento del total de la infraestructura existente.
En Noviembre del 2005 se adjunta predio colindante por la carrera 28 No. 47-20, sitio en el que en Julio de 2006 se ubicaría laboratorio clínico, ecografías y apoyo terapéutico y en donde posteriormente se proyectaría la ampliación de infraestructura hospitalaria.
En marzo del 2006 se culmina el proceso de planificación del sistema de gestión de calidad, obteniendo en marzo de ese año la certificación de calidad bajo la norma ISO 9001, por ICONTEC.
En marzo del 2010 inicia con sus sistemas de información electrónicos, siendo pionero en la ciudad del manejo de historia clínica electrónica y facturación por computador.
En septiembre de 2015 se adquiere el predio calle 47 28 60 para traslado de área administrativa, la que entra en funcionamiento en diciembre de 2015. En marzo del 2016 se compra predio calle 47 28 45 para en un futuro proyectar ampliación de servicios ambulatorios.
También para ese año se traslada administración, del cuarto piso de la clínica a nuevo predio adjunto por la carrera 28 47-30 y en cuarto piso se adecua cuidados intermedios.
En 2011 se empieza a trabajar en la planificación e implementación de sistemas integrados de gestión, bajo normas ISO 9001, ISO 14001 e ISO 18001, certificación que se logra en enero de 2013, con la entidad Bureau Veritas. Certificación que viene siendo renovada periódicamente. En el 2020 se certificó la migración de la norma 18001 a la 45001.
En septiembre de 2015 se adquiere el predio calle 47 28 60 para traslado de área administrativa, la que entra en funcionamiento en diciembre de 2015. En marzo del 2016 se compra predio calle 47 28 45 para la proyección de ampliación de servicios ambulatorios.
En 2017 se planificó el cambio del software por un software ERP que incluya salud, facturación, contabilidad, inventarios, activos fijos, nómina, proyecto que inició su implementación en enero de 2018.
En marzo de 2018 se adquiere predio adyacente por la carrera 28 No 47 38 en donde se proyecta adecuar los servicios de apoyo diagnóstico que deben reubicarse allí para iniciar el proyecto de ampliación del edificio hospitalario, que cuenta ya con licencia de curaduría para su construcción, proyecto a realizarse en etapas.
En Junio de 2019 se inicia demolición de áreas de ampliación, que por contingencia covid fueron suspendidas, se retoma su construcción en 2021, con el proyecto de 10 pisos, en donde los primeros cuatro corresponderán a la ampliación y adecuación de espacios de los actuales servicios de urgencias, cirugía, hospitalización.
En tiempos de covid se habilitaron temporalmente 11 unidades de cuidados intensivos covid para el cubrimiento de los servicios respiratorios críticos a la población de nuestra ciudad y aledaños.
En la actualidad presta sus servicios ambulatorios, hospitalarios, quirúrgicos y de apoyo diagnóstico con la proyección de unificación de sede y ampliación de coberturas en zona de ampliación de infraestructura.